Parmi les cas dont Barbara Warner a été victime en tant que pédiatre spécialisée dans les nouveau-nés, celle qui lui tient le plus à l’esprit concerne un couple qui essayait depuis des années d’avoir des enfants. Enfin, en 1997, la femme était enceinte. Elle était dans la mi-quarantaine. «C’était sa dernière chance», déclare Warner. Puis, trop tôt, elle a donné naissance à des jumeaux. Le premier enfant est décédé après deux semaines d'insuffisance respiratoire, alors le meurtrier le plus courant chez les prématurés.
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Le corps humain héberge plus de dix mille types de microbes. La plupart de ces bactéries ne sont pas nocives. En fait, nombre d'entre elles aident le système immunitaire.
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Lorsqu'un bébé naît chirurgicalement par césarienne, il peut manquer les avantages pour la santé de passer par le canal utérin.
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Hallie Cheek, âgé de 7 semaines à l'Hôpital pour enfants Saint-Louis, se remet d'une opération pour entérocolite nécrosante. (Mark Katzman) 
David Relman et ses collègues ont découvert en 1999 que la bouche est inondée d’une diversité inattendue de microbes. (Lea Suzuki / San Francisco Chronicle / Corbis) 
Les microbes que nous hébergeons en interne, y compris les bactéries, les champignons et les virus, ajoutent 100 000 milliards de cellules supplémentaires aux 10 000 milliards de cellules de notre corps. (Stephanie Dalton Cowan) 
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Une semaine plus tard, c'était le jour de Thanksgiving, Warner rabattit la couverture sur la jumelle survivante et, même maintenant, elle retint sa respiration. Le ventre du bébé était rouge, brillant et tellement enflé «on aurait pu lui casser une pièce de cinq cents».
Il s'agissait d'une entérocolite nécrosante, ou NEC, peu connue en dehors des unités de soins intensifs néonatals, mais redoutée dans ce pays sous la forme d'une inflammation bactérienne soudaine et rapide de l'intestin. Sur la table d'opération, un chirurgien a ouvert l'abdomen du bébé et l'a immédiatement refermé. Le tractus intestinal de l'estomac au rectum était déjà mort. Warner, en larmes, a renvoyé l'enfant mourir dans les bras de ses parents brisés.
«Quinze ans plus tard, rien de nouveau», dit Warner d'un ton sombre en se déplaçant parmi ses minuscules patients, chacun recouvert de tubes et baignant dans une douce lumière violette, dans un incubateur en plastique transparent. NEC est toujours l’une des principales causes de mortalité chez les prématurés. Mais cela pourrait bientôt changer, grâce à une nouvelle façon surprenante de regarder qui nous sommes et comment nous vivons.
Au cours des dernières années, les progrès de la technologie génétique ont ouvert une fenêtre sur le monde incroyablement peuplé et puissant de la vie microbienne dans et autour du corps humain - la communauté normale de bactéries, champignons et virus qui composent ce que les scientifiques appellent le microbiome. C'est de la grande science, impliquant de vastes partenariats de recherche internationaux, une technologie de pointe de séquençage de l'ADN et des jeux de données à une échelle permettant de faire frémir les superordinateurs. Cela promet également le plus grand retournement de la pensée médicale en 150 ans, remplaçant la focalisation résolue sur les microbes en tant qu'ennemis, par une vision plus large selon laquelle ils sont également nos alliés essentiels.
Le sujet est à la fois humble et intime. Dans l'unité de soins néonatals de Warner à l'Hôpital pour enfants Saint-Louis, des chercheurs de NEC ont analysé chaque couche de presque tous les bébés de très faible poids qui leur ont été livrés au cours des trois dernières années. Ils ne s'attendent pas à trouver un seul agent pathogène, un virus tueur ou une bactérie, comme le faisaient les découvertes médicales par le passé. Phillip Tarr, gastro-entérologue pédiatrique de l’Université de Washington, collabore avec Warner. Ils souhaitent plutôt comprendre le va-et-vient entre des centaines de types microbiens dans l’intestin du nouveau-né, afin de reconnaître les déséquilibres. Leur objectif est d'identifier les changements précis qui mettent un bébé sur la voie du développement de NEC et, pour la première fois, de donner aux unités de soins néonatals un avertissement préalable crucial.
Un groupe de recherche distinct a démontré au début de cette année que les sécrétions de certains microbes bénéfiques semblaient soulager l'inflammation mortelle caractéristique du NEC. Ainsi, les médecins pourraient bientôt se pencher sur des processus de la vie ou de la mort jusqu'ici cachés et prendre des mesures pour y remédier.
Les nouvelles connaissances sur NEC suggèrent pourquoi le microbiome semble soudainement si important pour presque tout dans le monde médical et biologique, même pour notre compréhension de ce que signifie être humain. Nous avons tendance à penser que nous sommes exclusivement un produit de nos propres cellules, plus de 10 000 milliards d’entre elles. Mais les microbes que nous hébergeons ajoutent 100 000 milliards de cellules supplémentaires. La créature que nous admirons dans le miroir tous les matins représente donc environ 10% d'humain par décompte cellulaire. En poids, l’image est plus jolie (pour une fois): Au total, les microbes commensaux de l’adulte moyen pèsent environ trois livres, soit à peu près autant que le cerveau humain. Et tandis que nos quelque 21 000 gènes humains nous aident à devenir ce que nous sommes, nos microbes résidents possèdent environ huit millions de gènes supplémentaires, dont beaucoup collaborent dans les coulisses pour manipuler les aliments, bricoler le système immunitaire, activer et désactiver les gènes humains, et autrement nous aider à fonctionner. John Donne a déclaré «aucun homme n'est une île» et Jefferson Airplane a déclaré «c'est une péninsule», mais il semble maintenant qu'il s'agisse d'une métropole.
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L'ère du microbiome moderne a commencé à la fin des années 1990, lorsque David Relman, médecin spécialiste des maladies infectieuses à l'Université de Stanford, décida de se faire prélever un échantillon de microbes dans sa propre bouche. C'est un processus simple: un dentiste gratte une sorte de coton-tige allongé sur la surface externe d'une dent, les gencives ou l'intérieur d'une joue. Ces échantillons ne ressemblent généralement à rien du tout. («Vous devez avoir beaucoup de foi en l'invisible», conseille un professeur de dentisterie.)
À l'époque, ces échantillons étaient normalement envoyés dans un laboratoire pour être cultivés dans une boîte de Pétri à des fins d'analyse, ce qui constitue un bon moyen d'étudier les microbes qui se trouvent chez eux dans une boîte de Pétri. Relman a eu l’audacieuse idée d’ajouter un séquençage d’ADN pour voir tout ce qui est vivant. Au cours des années qui ont suivi, le coût du séquençage a chuté et le prélèvement d'échantillons sur écouvillons prélevés dans divers quartiers du corps aux fins d'analyse de l'ADN est devenu la pratique courante de la recherche sur le microbiome.
En laboratoire, chaque échantillon de Q-tip aboutit dans l'un des 96 petits puits sur une plaque de collecte en plastique plus petite qu'un livre de poche. Un technicien place ensuite la plaque sur une sorte de secoueur de peinture, avec un caillou et un peu de détergent dans chaque puits pour casser les parois des cellules, première étape de l'extraction de l'ADN. Le liquide qui en résulte est aspiré par un pipeteur (imaginez un appareil avec huit minuscules pilons à dinde) et transféré dans des puits par une série de huit autres plaques collectrices, chaque étape rapprochant l'échantillon de l'ADN pur. Le produit fini est ensuite envoyé au séquenceur, un dispositif de comptoir qui a l’air aussi impressionnant qu’un distributeur automatique de billets marié à un réfrigérateur à barres. Mais ce qu’il nous dit de notre propre corps est étonnant.
Ce n'est pas simplement qu'il y a plus de 1000 espèces microbiennes possibles dans la bouche. Le recensement, dans sa version actuelle, compte également 150 personnes derrière votre oreille, 440 à l'intérieur de votre avant-bras et quelques milliers dans vos intestins. En fait, les microbes habitent presque tous les coins du corps, du nombril au canal utérin, sur plus de 10 000 espèces. En ce qui concerne les microbes qu’ils hébergent, votre bouche et votre intestin sont plus différents qu’une source thermale et une calotte glaciaire, selon Rob Knight, écologiste microbien de l’Université du Colorado. Selon une étude de 2010, même vos mains gauche et droite pourraient avoir seulement 17% de leurs espèces bactériennes en commun.
Mais la vraie nouvelle est que la communauté microbienne fait une différence significative dans notre façon de vivre et même dans nos pensées et nos sentiments. Des études récentes ont lié les changements dans le microbiome à certains des problèmes médicaux les plus pressants de notre époque, notamment l'obésité, les allergies, le diabète, les troubles intestinaux et même des problèmes psychiatriques tels que l'autisme, la schizophrénie et la dépression. Au cours de la dernière année, par exemple, des chercheurs ont découvert que:
• Les bébés exposés aux antibiotiques au cours des six premiers mois de leur vie sont 22% plus susceptibles de présenter un excès de poids chez les tout-petits que les nourrissons non exposés, peut-être parce que les antibiotiques détruisent les microbes essentiels.
• Un manque de microbes intestinaux normaux au début de la vie perturbe le système nerveux central chez les rongeurs et peut modifier de façon permanente les taux de sérotonine dans le cerveau adulte. Les scientifiques soupçonnent qu'il en va de même pour les humains.
• Donner juste assez de nourriture aux enfants affamés ne résoudra pas nécessairement la malnutrition à moins de disposer des micro-organismes digestifs «adéquats», selon une étude réalisée auprès d'enfants au Malawi.
Les chercheurs ne peuvent généralement pas affirmer avec certitude si des changements dans le microbiome sont à l'origine de certaines conditions ou résultent simplement de ces conditions. Malgré tout, les corrélations fascinantes ont suscité un vif intérêt scientifique, notamment avec la publication en juin dernier des premiers résultats du Human Microbiome Project, un effort de 173 millions de dollars des National Institutes of Health. Ce projet visait à établir un profil normal de la vie microbienne chez 300 individus en bonne santé. Pour la communauté médicale, c’était comme découvrir un nouvel organe dans le corps humain - ou plus encore, un tout nouveau système d’exploitation. Soudain, les médecins ont eu «un autre levier», comme le disait un article de l' American Journal of Epidemiology en janvier, «d'ouvrir la boîte noire proverbiale» de la santé et de la maladie humaines.
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Le public a également adopté le microbiome depuis quelques années lorsque des chercheurs de l’Université de Washington ont remarqué un fait curieux à propos de l’obésité: les souris Fat ont plus d’un groupe bactérien appelé Firmicutes dans leur intestin et les souris minces ont plus de Bactéroïdes. Nourrissez les souris avec le même régime, et celles avec plus de Firmicutes extraient plus de calories et pondent plus de graisse. Lorsque les mêmes différences se sont manifestées chez les humains, cela a semblé expliquer la plainte fréquente de nombreuses personnes en surpoids selon lesquelles elles grossissent en ne sentant que la nourriture que leurs amis maigres gavent impunément.
De telles études ont suscité un enthousiasme remarquable dans un sujet que la plupart des gens auraient jadis considéré comme dégoûtant, dégoûtant ou pire. C'est comme si les gens aimaient soudainement Les voyages de Gulliver pour le passage où Jonathan Swift dépeint un étudiant scientifiquement enclin à essayer de ramener les excréments humains dans les aliments dont ils sont issus.
L’hiver dernier, deux entreprises rivales ont invité des passionnés de microbiomes à soumettre leurs propres échantillons de selles, orales, génitales ou cutanés à des fins d’analyse microbienne. Chacune a recueilli plus de 300 000 dollars à partir de dons financés par la masse, généralement inférieurs à 100 dollars chacun. Le premier effort, géré par le laboratoire de Rob Knight au Colorado et appelé American Gut, a mis l'accent sur la participation de scientifiques de haut niveau sur le terrain. Le magazine Prevention a classé la «carte de votre propre écosystème de bactéries intestinales», d'une valeur de 99 $, parmi les 10 cadeaux les plus gourmands pour les fêtes. (Pour les romantiques, le forfait «Microbes for Two» de 189 $ incluait l'analyse d'un échantillon de selles pour vous et votre partenaire. Ou votre chien.)
Pendant ce temps, uBiome a mis l’accent sur «la science citoyenne», avec des contributeurs formulant les hypothèses à tester: «Comment la consommation d’alcool modifie-t-elle le microbiome?» Ou «Quel est l’effet d’un régime végétarien?». Quand Ludington, cofondateur, sera-t-il devenu En décembre, son père a commencé à prélever des échantillons fécaux quotidiens auprès de son fils nouveau-né, Dylan, pour répondre à sa propre question: "Quelle est la succession de microbes colonisant l'intestin du nourrisson au cours de la première année de vie?"
L'engouement pour le microbiome s'est propagé aux investisseurs en capital-risque, qui ont jusqu'à présent investi dans au moins quatre entreprises en démarrage dans le but de développer de nouveaux médicaments et outils de diagnostic centrés sur le microbiome. Deuxième génome à l'extérieur de San Francisco (devise: «Le génome le plus important de votre corps n'est peut-être pas le vôtre»), le directeur général Peter DiLaura dispose d'un capital de départ de près de 10 millions de dollars et d'un plan pour passer les tests cliniques aux médicaments d'ici trois ans. ciblant des maladies courantes comme la colite ulcéreuse, où le microbiome joue probablement un rôle causal.
Ce calendrier peut sembler optimiste, d’autant plus que la recherche sur le premier génome - c’est-à-dire le génome humain - a à peine commencé à produire l’abondance de nouveaux traitements prédits à l’origine. Mais au moins en théorie, il devrait être plus facile de manipuler des microbes individuels. Selon des chercheurs sur le terrain, plusieurs grandes sociétés pharmaceutiques actives dans le domaine du diabète et de l'obésité disposent désormais d'unités de recherche consacrées au microbiome. Les grandes entreprises de dentifrices et de bains de bouche étudient également des méthodes microbiennes pour prévenir la carie dentaire.
Même avant que ces produits n'arrivent sur le marché, le simple fait de pouvoir caractériser le microbiome d'une personne peut générer des avantages médicaux directs. Les recherches suggèrent que chacun de nous a une empreinte microbienne distincte, avec des variations individuelles basées sur le régime alimentaire, la famille, les antécédents médicaux, l'origine ethnique ou régionale et une foule d'autres facteurs. Ces différences semblent avoir de l'importance, qu'elles soient grandes ou petites. Par exemple, une personne peut avoir certaines bactéries intestinales qui modifient l'effet d'un médicament, bloquant même un remède aussi commun que l'acétaminophène, l'ingrédient analgésique de Tylenol. À l’heure actuelle, les médecins manquent parfois d’une ordonnance à l’autre avant de tomber sur le médicament qui aide un patient donné. La possibilité de consulter le profil du microbiome de ce patient pourrait faciliter son accès du premier coup.
Malgré tout, certains chercheurs craignent que le mouvement du microbiome soit trop prometteur trop tôt.
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Quand une équipe scientifique a récemment suggéré que les changements dans les bactéries intestinales pourraient protéger contre les accidents cérébrovasculaires, Jonathan Eisen de l'Université de Californie à Davis les a vantés les mérites de «prétentions absurdes, dangereuses et égoïstes qui confondent complètement la question de la corrélation et de la causalité». Eisen, spécialiste de la génomique microbienne, présente régulièrement sur son blog les récompenses «survendant le microbiome». Il dit ne pas douter de l'importance ultime du microbiome: "Je pense que la communauté de microbes qui vivent dans et sur nous va avoir des influences majeures". Mais croire que "est différent de le montrer en réalité, et le montrer ne signifie pas que nous avons la moindre idée de ce qu'il faut faire pour le traiter. Il y a un danger ici.
Par exemple, les probiotiques, compléments alimentaires contenant des bactéries vivantes, sont généralement inoffensifs. La plupart contiennent les mêmes microbes que les gens consomment plus ou moins pour toujours. Mais des rapports exagérés sur les microbes bénéfiques peuvent amener les gens à considérer les suppléments comme une panacée, avertit Richard Sharp, bioéthicien à la Cleveland Clinic. Les fabricants veillent à ne pas réclamer d'avantages spécifiques pour la santé, car cela les obligerait à effectuer le type de tests de sécurité et d'efficacité requis pour les médicaments. "Mais si quelqu'un dit qu'il a un traitement pour tout", dit Rob Knight, "c'est probablement un remède pour rien". Néanmoins, les ventes de probiotiques aux États-Unis ont augmenté de 22% l'an dernier.
Les chercheurs disent qu'ils commencent seulement à réaliser à quel point les interactions entre nos espèces microbiennes peuvent être subtiles. Ils espèrent développer en fin de compte des probiotiques plus précis. Mais dans l’intervalle, si le microbiome est comme une symphonie, l’ajout des probiotiques actuels équivaudra à jouer le piano en solo avec les coudes.
Dans certaines circonstances rares, frapper les mauvaises notes peut s'avérer mortel. L'administration de probiotiques avant le traitement semblait logique pour les médecins dans le cadre d'une étude sur la pancréatite aiguë sévère, une inflammation bactérienne du pancréas. Selon l’auteur principal, Marc Besselink, gastro-entérologue néerlandais, une dose de microbes bénéfiques risquerait d’évincer les microbes dangereux. Ce type d’exclusion concurrentielle a bien fonctionné dans certaines autres conditions. Mais les patients atteints de pancréatite recevant des probiotiques sont décédés plus de deux fois plus souvent que ceux qui n'en ont pas eu. Les décès ne se sont produits que dans les cas les plus graves, où une défaillance d'organe était déjà en cours, et rien ne permettait de s'inquiéter de la manière dont la plupart des gens utilisent les probiotiques. Mais c'était un appel au réveil: le microbiome est un système compliqué et nous commençons seulement à comprendre ce qui se passe quand nous le bricolons.
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Bricoler aveuglément avec le microbiome est cependant exactement ce que certains chercheurs disent que nous avons fait, bon gré mal gré, depuis plus de 70 ans depuis l'aube de l'ère des antibiotiques. Pour Martin Blaser, médecin à la faculté de médecine de l’Université de New York, une tendance se dégage: l’enfant typique des pays développés reçoit actuellement entre 10 et 20 cycles de traitement antibiotique à l’âge de 18 ans, souvent dans des conditions où ces médicaments agissent peu ou mal. pas bien. «Cela fait deux ou trois générations que nous pensons qu'il n'y a pas de coût à long terme à utiliser des antibiotiques», explique Blaser, les sourcils se dressant au-dessus de ses lunettes à monture métallique. Cela ne semblait certainement pas être un coût pour l'enfant traité, mais seulement pour la société dans son ensemble (car une utilisation excessive peut entraîner une résistance aux antibiotiques). Mais "vous ne pouvez pas avoir quelque chose d'aussi puissant", dit Blaser, "et changer quelque chose d'aussi fondamental que notre microbiome, à un moment critique du développement, sans avoir d'effet."
Bien qu'ils aient toujours su que les antibiotiques tuaient les «bonnes» bactéries ainsi que les «mauvaises», les médecins ont généralement présumé que la communauté microbienne du corps était suffisamment résistante pour rebondir. Mais de nouvelles études montrent que le microbiome a du mal à se remettre d'assauts répétés et peut perdre des espèces de façon permanente. Blaser soupçonne que la perte de diversité est cumulative et qu’elle s’aggrave d’une génération à l’autre. Il appelle cela «l'hypothèse de la disparition du microbiote». C'est comme si quelqu'un jouait du piano en solo avec deux par quatre.
Avec les antibiotiques, Blaser attribue notre obsession à la propreté et aux savons et lotions antibactériens. En outre, environ 30% des enfants américains naissent maintenant par césarienne. Elles commencent leur vie sans le microbiome qu'elles auraient normalement capturé en passant par le canal utérin de la mère, et certaines recherches suggèrent que cela les désavantage. Des études montrent qu’une communauté microbienne diversifiée est essentielle pour relancer le système immunitaire du bébé, établir un tube digestif en bonne santé et même contribuer à la formation du cerveau en croissance. Blaser ne pense pas que ce soit une coïncidence que les enfants soient confrontés à une épidémie de troubles médicaux dans tous ces domaines et que l'augmentation de l'incidence s'accentue avec une augmentation des naissances par césarienne et l'introduction de nouveaux antibiotiques puissants dans les années 1970-1980.
"Voici le point", dit-il. «Vous avez 10 ou 12 maladies qui augmentent considérablement, plus ou moins parallèlement: diabète, obésité, asthme, allergies alimentaires, rhume des foins, eczéma, maladie cœliaque. Ils ne montent pas 2 ou 3%, ils doublent et quadruplent. Chacun peut avoir une cause différente. Ou il pourrait y avoir une cause qui fournit le carburant, et mon hypothèse est que c'est le microbiote en voie de disparition. "
Pour Blaser, le déclin d'une «mauvaise» espèce bactérienne représente ce qui arrive à l'ensemble du microbiome. Helicobacter pylori, qui vit dans l'estomac humain, est devenu notoire dans les années 1980 après que des scientifiques eurent démontré qu'il s'agissait de la condition préalable essentielle de presque tous les ulcères peptiques et les cancers de l'estomac. Le microbe était déjà en train de perdre des améliorations sanitaires et de l'utilisation systématique d'antibiotiques, mais les médecins ont alors commencé à cibler directement H. pylori chez les adultes, ce qui signifie que les parents étaient moins susceptibles de transmettre le microbe à leurs enfants. Aujourd'hui, alors que jusqu'à 100% des enfants des pays en développement sont porteurs d' Helicobacter, seuls 6% environ des enfants américains en ont - et ce dernier est apparemment une bonne chose.
«C'est bon et c'est mauvais», dit Blaser. L'année dernière, une étude a retracé l'association humaine avec H. pylori d'au moins 116 000 ans dans notre histoire évolutive. «L'idée qu'un organisme qui a été avec nous depuis longtemps en train de disparaître en un siècle est frappante», dit Blaser. «La bonne nouvelle est que cela signifie moins d'ulcères et moins de cancer gastrique. La mauvaise nouvelle est que cela signifie plus d'asthme d'apparition précoce et plus de reflux œsophagien. »Dans certaines circonstances, à certaines périodes, affirme H. Blaser, H. pylori peut avoir des effets protecteurs non encore pleinement reconnus.
La communauté médicale a jusqu'ici résisté à la réhabilitation de H. pylori. Lorsque Blaser a proposé pour la première fois que des médecins réintroduisent finalement l'espèce chez des enfants américains, David Y. Graham, gastro-entérologue au Baylor College of Medicine, a répondu par écrit: «Le seul bon Helicobacter pylori est un Helicobacter pylori mort . ”De Blaser, il dit:“ Il est bon pour vendre des choses. ”Graham pense que Blaser a tort d'attribuer des effets bénéfiques à H. pylori, et il craint que le message de Blaser dissuade les gens de chercher des traitements.
Douglas Morgan, gastro-entérologue et épidémiologiste à l'Université Vanderbilt, attribue à Blaser le fait d'avoir souligné le double caractère de H. pylori . Mais l’espèce pourrait bien sembler être l’acteur clé de la protection contre les troubles immunitaires, car un simple test médical la rend plus facile à mesurer. Les autres microbes qui vont et viennent avec elle pourraient vraiment conduire le processus, dit Morgan.
Pourtant, l'attaque contre les antibiotiques ne vient pas de manière décontractée. Blaser est un ancien président de la société américaine des maladies infectieuses. Les médecins qui partagent sa spécialité médicale dépendent énormément d'antibiotiques pour traiter les patients souffrant de pneumonie, d'infections valvulaires cardiaques et d'une multitude mortelle d'autres troubles. Mais les spécialistes des maladies infectieuses voient également le coût payé pour leur dépendance aux antibiotiques, explique Relman, un autre chercheur sur le microbiome, médecin et président actuel de la Société des maladies infectieuses. Ces médecins ont pris l'habitude de sauver des patients avec consternation, pour ensuite les voir rentrer chez eux et développer un cas invalidant et parfois fatal de Clostridium difficile . “ C. diff., "Comme on le sait, est une infection intestinale avec diarrhée chronique, et son incidence aux États-Unis a plus que doublé depuis 2000. Le problème découle presque toujours de l'utilisation d'antibiotiques qui a détruit la population normale de microbes, ouvrant la voie à un seul, C. difficile, pour dominer. Jusqu'à présent, le seul remède conventionnel est un autre antibiotique.
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Dans une salle d'opération de l'hôpital Rhode Island de Providence, une gastroentérologue, Colleen Kelly, vaporise un petit désodorisant. Elle dit "Respirez par la bouche" puis ouvre un récipient en plastique contenant le matériel du donneur, livré ce matin par un membre de la famille du patient d'aujourd'hui. Kelly le mélange dans un demi-litre de solution saline, puis le secoue comme un barman mélangeant un mai tai. Elle aspire le liquide dans une demi-douzaine de seringues de la taille d'une pompe à main, puis il est temps d'introduire le patient.
L'idée des greffes fécales n'est pas nouvelle. Les vétérinaires les utilisent depuis longtemps pour traiter le bétail souffrant de troubles digestifs. Les cas humains aux États-Unis, bien que rares, remontent au moins aux années 1950. Mais la procédure est devenue plus courante récemment parce qu'elle semble guérir de C. diff. infection. Janet O'Leary, une technologue en imagerie médicale du Massachusetts, s'est rendue chez Kelly pour la procédure en octobre dernier. «J'ai dit à mon petit ami ce que j'allais faire», se souvient-elle, «et il a dit:« Je ne le crois absolument pas. Tu inventes ça.
Son médecin personnel s'est senti presque aussi horrifié. "C'est considéré comme une frange, et c'est comme ça que la médecine en Amérique", dit O'Leary. «Ce n'est pas une drogue. Personne ne gagne de l'argent avec ça. Encore. Ce n'est pas poussé par une douzaine d'entreprises. C'est juste un moyen naturel de retrouver la flore normale dans votre intestin. Ma réponse est qu'il n'y a pas de "facteur de bêtise" pour les personnes qui sont aussi malades. "
O'Leary était descendu avec C. diff. après un voyage de vacances sur lequel elle a utilisé un puissant antibiotique pour turista. De retour à la maison, son médecin lui a prescrit une autre injection du même antibiotique, et le problème a empiré. Un autre antibiotique a suivi, puis plusieurs fois un troisième antibiotique. O'Leary ne pouvait pas aller travailler à son hôpital. Elle est devenue patiente à la place. «Cela n'allait pas mieux. C'était assez effrayant, et les médecins disaient qu'ils pourraient essayer une autre série d'antibiotiques ou que je pourrais perdre une partie de mon côlon. "
O'Leary a plutôt contacté Kelly, l’une des quelques dizaines de gastro-entérologues du pays qui effectuent maintenant des greffes de selles. Selon Kelly, le donneur est généralement un membre de la famille et doit être examiné au préalable pour éviter toute introduction d'agents pathogènes connus. La procédure elle-même est une coloscopie de base. Mais au retour, Kelly visse ces seringues à pompe à vélo dans le tableau de bord de son colonoscope et injecte le contenu à différents points du côlon. La phrase est de «les semer à travers», plantant un microbiome en bonne santé comme un paysagiste installant un nouveau jardin.
De 94 C. diff. Kelly dit que tous les patients qu'elle a traités ont surmonté l'infection. Elle participe actuellement à une étude des National Institutes of Health visant à tester l'efficacité de la procédure par rapport à un placebo dans le cadre d'un essai clinique à double insu. Elle prévoit également un moment où un probiotique soigneusement conçu, fabriqué en laboratoire, rendra inutile le recours à un donneur humain. Un chercheur a déjà commencé à tester une version expérimentale. Il s'appelle RePOOPulate.
Pour le reste d'entre nous, l'idée de greffes de matières fécales, ou de bactéries causant l'ulcère comme nos amis de temps en temps, ou de bébés incarnés à l'humanité à la naissance par le microbiome de leur mère, continuera sans doute à paraître un peu grossière pendant un moment. venir. Mais voici une façon de mettre cela en perspective: la vaccination avait aussi un ton décevant quand Edward Jenner découvrit dans les années 1790 que l'inoculation du pus de vache à une personne pouvait la protéger de la variole. Et c’était décevant en 1928 quand Alexander Fleming a commencé à transformer une croissance moisie en pénicilline. Mais les vaccins et les antibiotiques allaient devenir, avec le temps, les découvertes les plus importantes de l’histoire de la médecine, et ils protègent désormais systématiquement des milliards de personnes de la maladie.
Venir à comprendre nos microbes non pas comme des ennemis, mais comme des partenaires intimes pourrait changer nos vies au moins de manière aussi spectaculaire, avec le temps et les tests appropriés. Interrogé récemment sur les perspectives de recherche sur le microbiome, un scientifique non impliqué directement l'a exprimé ainsi: "Pour faire une analogie, nous sommes environ un an après que Fleming a découvert la pénicilline."
