C'est ce qui caractérise The Hot Zone, Outbreak et Contagion : un nouveau virus mortel a émergé d'un coin sombre de la jungle. Tandis que les victimes succombent à une mort atroce et tombent comme des mouches empoisonnées, les chercheurs de virus cherchent à identifier le patient zéro, qui s’est avéré avoir récemment séjourné dans un élevage porcin. Ils découvrent que ces cochons sont exposés à des excréments de chauves-souris qui s’abattent des arbres. Un autre virus animal a fait le saut chez l'homme. Et même si vous savez probablement que de tels sauts se sont déjà produits, préparez-vous: les scientifiques estiment qu’au moins 320 000 virus de ce type attendent d’être découverts.
Les médias parlent actuellement du coronavirus MERS, qui pourrait provenir de chauves-souris et utiliser ensuite des chameaux comme hôte supplémentaire. Avant cela, nous avions le SRAS (de petits mammifères); Virus Nipah (roussettes et porcs); et grippe porcine. Les zoonoses, ou maladies d'origine animale qui se propagent chez l'homme, représentent environ 70% des maladies virales émergentes, notamment le VIH / sida, le Nil occidental et Ebola. Les zoonoses provenant de mammifères sont particulièrement problématiques. Ils ont tendance à se révéler le plus facilement transmissible aux gens parce que les virus qui ont évolué pour exploiter nos plus proches parents à fourrure ont tendance à être les plus aptes à naviguer dans nos propres corps à sang chaud. Au fur et à mesure que nous envahissons de nouvelles étendues de forêts où de dangereux agents pathogènes peuvent se cacher, puis que les agents pathogènes se déplacent dans le monde entier, le nombre d'épidémies de maladies infectieuses émergentes ne fait qu'augmenter.
Pourtant, nous en savons très peu sur la «virodiversité» ou le nombre, le type et l’abondance des virus dans le monde. Nous ne savons même pas combien de virus peuvent exister chez une espèce animale donnée, alors que ces virus représentent potentiellement la plus grande menace pour nos vies et notre économie.
Dans une nouvelle étude ambitieuse de la revue en ligne mBio de l'American Society for Microbiology, plus de 20 grands chasseurs de virus se sont réunis pour tenter de résoudre ce mystère. Plutôt que de s'attaquer à une seule espèce, ils ont décidé de s'attaquer à une classe d'animaux: les mammifères. Le prélèvement d'échantillons sur les 5 500 mammifères connus n'était pas une option. Ils ont donc choisi une espèce représentative, le renard volant indien - un type de chauve-souris qui est le plus grand mammifère volant au monde et qui est porteur du virus Nipah - données virales, à partir desquelles ils pourraient ensuite extrapoler pour estimer une plus grande diversité parmi tous les mammifères.
Des renards volants - porteurs potentiels du virus mortel du virus Nipah - se tiennent. (Photo par Ryan E. Poplin) Ils ont recueilli près de 2 000 échantillons de renards volants piégés au Bangladesh (ils ont laissé les chauves-souris s'en sortir indemnes et ont porté un équipement de protection pour s'assurer qu'ils ne sont pas eux-mêmes infectés par le prochain virus Nipah), puis ils ont effectué près de 13 000 analyses génétiques traces virales dans ces échantillons. Ils ont découvert 55 virus appartenant à neuf familles différentes, dont cinq seulement - deux bocavirus, un adénovirus, un bétacoronavirus et un gammacoronavirus - étaient déjà connus de la science. Dix des virus nouvellement découverts appartenaient à la même famille que le virus mortel Nipah.
En outre, un test statistique couramment utilisé a permis aux chercheurs d'estimer que leur échantillonnage avait très probablement omis trois autres virus, plus insaisissables, ce qui porte à environ 58 le nombre de renards volants. À partir de là, ils ont extrapolé ce chiffre à tous les mammifères, en calculant qu’au moins 320 000 virus étaient en attente de découverte chez ces animaux.
Plusieurs centaines de milliers peuvent sembler énormes, mais ce nombre est beaucoup plus gérable que les millions de virus supposés par certains chercheurs. En fait, un programme d'estimation de la richesse en espèces, appelé Chao 2, indiquait que des échantillons provenant de 500 animaux supplémentaires seraient nécessaires pour découvrir 85% de ces 320 000 virus. D'autre part, la découverte des 15% restants, qui ne représentent que le groupe le plus rare du virus, nécessiterait plus de dix fois plus d'échantillons. L'équipe a calculé que 85% des efforts nécessiteraient un financement d'environ 1, 4 milliard de dollars, ce qui semble être une somme considérable, mais ne représente qu'une fraction des 16 milliards de dollars qu'une seule pandémie de la maladie, le SRAS, a coûté en impacts économiques. Répartis sur une période de 10 ans, nous pourrions mettre un terme au mystère des virus chez les mammifères pour seulement 140 millions de dollars par an, écrivent-ils.
«Depuis des décennies, nous sommes confrontés à la menace de futures pandémies sans savoir combien de virus se cachent dans l'environnement, dans la faune, et dans l'attente de leur émergence», a déclaré Peter Daszak, l'auteur principal de l'étude, dans un communiqué. «Nous avons enfin une avancée décisive: il n’ya pas des millions de virus inconnus, mais quelques centaines de milliers. Et, compte tenu de la technologie dont nous disposons, il est possible que de mon vivant, nous connaissions l’identité de chaque virus inconnu de la planète.
Les chercheurs ont fait plusieurs hypothèses dans leur étude. Ils ont supposé que 58 est une estimation raisonnable du nombre de virus hébergés par chaque espèce de mammifère. que les virus ne sont pas partagés par différents hôtes. que les virus de mammifères appartiennent seulement à neuf familles. et que leurs tests de diversité virale étaient fiables. Ils reconnaissent que leur calcul initial n'est qu'une estimation approximative et prévoient de répéter l'expérience sur les primates du Bangladesh et les chauves-souris au Mexique pour renforcer leur chiffre. Malheureusement, ils prédisent que leur estimation de la diversité virale totale augmentera probablement avec davantage de données.
En plus d’élucider la diversité merveilleuse du monde naturel, la découverte et la classification de tous ces virus pourraient considérablement aider les humains. Plutôt que de patauger pendant des mois en essayant de découvrir les origines d'un virus - comme les scientifiques ont encore du mal à le faire avec MERS - une base de données centrale basée sur de vastes enquêtes sur les animaux accélérerait le processus d’identification de tout nouveau virus émergeant chez l’être humain. Il est important de savoir d'où provient le virus pour couper la source de l'infection, comme l'a démontré l'abattage de centaines de milliers de poulets, civettes, cochons et autres animaux lors de récentes épidémies virales. Mais accrocher rapidement la source peut permettre aux dresseurs d’animaux de mieux isoler les populations d’animaux contaminés, d’épargner le reste des animaux et d’éloigner les humains de ceux qui en sont contaminés.
Malheureusement, connaître les virus existants ne peut empêcher une maladie virale émergente de toucher un large éventail de personnes. Mais cela peut aider à atténuer le choc, par exemple, en donnant aux chercheurs plus de temps pour développer des tests de diagnostic rapides pour l'intervention et le contrôle des maladies.
«Pour citer Benjamin Franklin, mieux vaut prévenir que guérir», a déclaré W. Ian Lipkin, directeur du Centre pour l'infection et l'immunité à la Mailman School of Public Health de l'Université Columbia et auteur principal de l'étude. "Notre objectif est de fournir l'intelligence virale nécessaire à la communauté mondiale de la santé publique pour anticiper et relever le défi permanent des maladies infectieuses émergentes."
